Dzięki zastosowaniu technologii z Modułowego Systemu Efektywności Audi udało się połączyć funkcję Start - Stop z automatyczną skrzynią biegów. W A3 1.6 TDI (105 KM) oraz 1.4 TFSI (125 KM) po raz pierwszy Start - Stop będzie występował razem z dwusprzęgłową przekładnią S tronic.
Modele A3 zużywają wg danych fabrycznych stosunkowo niewiele paliwa: 4,2 l ON (1.6 TDI) lub 5,3 l benzyny Super (1.4 TFSI) na 100 km. Odpowiada to emisji CO2 w A3 1.6 TDI na poziomie 109 g/km, w przypadku 1.4 TFSI - 124 g/km.
Obie wersje A3 wyposażono seryjnie w system rekuperacji. Zmienia on energię kinetyczną ruchu w fazach hamowania silnikiem i wybiegu samochodu na energię elektryczną, która jest czasowo magazynowana w akumulatorze, a przy przyspieszaniu zasila sieć pokładową odciążając w ten sposób alternator. Pozwala to zaoszczędzić paliwo. Rezultaty działania systemu rekuperacji i systemu Start - Stop są widoczne przede wszystkim w ruchu miejskim.