Napęd hybrydowy modelu CR-Z współpracuje z 6-stopniową manualną skrzynią biegów. W wyniku połączenia silnika benzynowego 1.5 z motorem elektrycznym, CR-Z emituje niewielką ilość zanieczyszczeń do atmosfery, a przy tym pozwala na jazdę ze sportowym zacięciem. Elastyczna konstrukcja systemu hybrydowego IMA pozwoliła na zestawienie go z manualną skrzynią biegów. Pozwala to na pełne wykorzystanie momentu obrotowego dostępnego w szerokim zakresie prędkości obrotowych silnika, przy jednoczesnym utrzymaniu średniego zużycia paliwa na poziomie zaledwie 5 l/100 km.

Honda CR-Z została wyposażona w funkcję dającą kierowcy możliwość wyboru jednego z trzech trybów jazdy (3-Mode Drive System). Każdy z nich zakłada inne ustawienia reakcji przepustnicy, układu kierowniczego, czasu uruchamiania systemu, zatrzymywania silnika spalinowego na postoju (idle stop), klimatyzacji oraz poziomu wspomagania systemem IMA. Zaprojektowany przez Hondę system umożliwia wybór pomiędzy jazdą sportową, jazdą maksymalnie ekonomiczną lub jazdą w trybie mieszanym.
W najnowszych modelach aut coraz częściej montowany jest przycisk SPORT, za pomocą którego kierowca może zmienić charakterystykę reakcji przepustnicy z normalnej na bardziej agresywną. System trzech trybów jazdy w Hondzie CR-Z obiecuje coś więcej - zmienia nie tylko charakterystykę przepustnicy, ale także działanie hybrydowego układu napędowego i układu kierowniczego. W CR-Z Reakcje przepustnicy w tej opcji stają się bardziej wyostrzone, hybrydowy system IMA dba o dodatkowe wspomaganie silnikiem elektrycznym, a układ kierowniczy działa z większym oporem.