Pierwszy lot testowy odrzutowca F2 rozpoczął się 18 listopada 2011 r. Silniki maszyny uruchomiono o 14:04, a o 14:21 wzbiła się ona w powietrze z pasa startowego międzynarodowego portu lotniczego Piedmont Triad, zlokalizowanego przy siedzibie firmy Honda Aircraft Company w Greensboro.

Podczas lotu testowego zespół konstruktorów przeprowadził kilka istotnych badań kontrolnych. Pierwszy lekki odrzutowiec firmy Honda certyfikowany przez Federalną Administrację Lotniczą (FAA) - oznaczony skrótem "F1" - wzniósł się po raz pierwszy w powietrze 20 grudnia 2010 r., przewyższając oczekiwania konstruktorów w zakresie osiągów. W marcu Honda Aircraft ogłosiła, że samolot ten osiągnął maksymalną prędkość 787 km/h . Uzyskana na pułapie 9 140 metrów prędkość przekracza wstępne ustalenia w zakresie prędkości maksymalnej produkcyjnej wersji samolotu, zakładanej na poziomie 778 km/h. Od tego czasu udało się także osiągnąć prędkość wznoszenia na poziomie 1 219 m/minutę oraz maksymalny pułap 13 106 m.

Honda Aircraft planuje rozpocząć loty testowe dwóch dodatkowych odrzutowców - F3 i F4 - w przyszłym roku. Pierwsze dostawy odrzutowca HondaJet do klientów zaplanowano na połowę 2013 r.